การที่ชาวโรฮิงญาหลบหนีเขาเมืองโดยผิดกฎหมาย และได้เข้ามาอาศัยอยู่ในประเทศไทยก่อให้เกิดปัญหาและผลกระทบต่อไทยในด้านต่างๆ ดังนี้

 

๑. ด้านสังคมจิตวิทยา

     ชาวมุสลิมโรฮิงญาส่วนใหญ่ลักลอบเข้ามาขายแรงงานในไทย มีจำนวนหนึ่งที่ไปจดทะเบียนเป็นแรงงานต่างด้าวสัญชาติพม่าเพื่อให้ได้รับการผ่อนผันให้อยู่ในประเทศไทยชั่วคราวแต่อย่างไรก็ตามในอนาคต หากมีการพิสูจน์สัญชาติแรงงานต่างด้าวสัญชาติพม่าชาวมุสลิมโรฮิงญา กลุ่มดังกล่าวจะต้องมีปัญหาเนื่องจากประเทศพม่าจะไม่ยอมรับว่าเป็นบุคคลสัญชาติพม่า ทำให้ต้องตกค้างเป็นผู้หลบหนีเขาเมืองโดยผิดกฎหมายอยู่ในประเทศไทย โดยบุตรหลานของกลุ่มเหล่านี้ จะเป็นเด็กไร้สัญชาติ ก่อให้เกิดปัญหาและภาระด้านสังคมให้กับประเทศไทยมากขึ้น

​

๒. ด้านความมั่นคง

    ๒.๑ ชาวมุสลิมโรฮิงญา ที่ลักลอบเข้ามาพักอาศัยอยู่ในประเทศไทยเป็นเวลานาน ส่วนหนึ่งจะมีพฤติการณ์ไปรวมกับกลุ่มผิดกฎหมาย เช่น รวมกับกลุ่มชาวปากีสถานปลอมแปลงเอกสารสำคัญต่างๆ นอกจากนี้ยังมีพฤติการณ์เขาไปเกี่ยวข้องกับขบวนการอาชญากรรม ข้ามชาติหลายรูปแบบ เช่น การค้ามนุษย์ ปลอมแปลงหนังสือเดินทาง การค้าสิ่งผิดกฎหมาย เช่น ยาเสพติด อาวุธสงคราม ตลอดจนการตั้งตัว เป็นผู้มีอิทธิพลเรียกเก็บค่าคุ้มครองจากผู้ลักลอบเข้าเมือง
     ๒.๒ เกิดขบวนการนำพาชาวมุสลิมโรฮิงญาจากพม่าเข้าไทย และขบวนการนำพาชาวมุสลิมโรฮิงญาจากไทยไปมาเลเซีย หรือกลุ่มประเทศมุสลิม
     ๒.๓ มีการจัดตั้งกลุ่ม Burmese Rohingya Association in Thailand (BRAT) เคลื่อนไหวในไทย เพื่อเรียกร้องสิทธิสถานะอยู่ในประเทศไทย
     ๒.๔ กลุ่ม RSO มีความเชื่อมโยงกับกลุ่มTaliban และนาย Osama bin Laden 
โดยการรับความช่วยเหลือด้านเงินทุนและการฝึกทางทหาร เป็นสิ่งบอกเหตุที่สำคัญและมีความสอดคล้องกับแนวทางการจัดตั้งโลกมุสลิม(Muslim World) ขึ้นมาใหม่ ดังนั้นมุสลิมโรฮิงญาในประเทศไทยบางส่วนเป็นมุสลิมหัวรุนแรง

 

๓. ปัญหาด้านเศรษฐกิจ
    เนื่องจากแรงงานในภาคอุตสาหกรรม หรือเกษตรกรรมบางประเภท เช่น การประมง กิจการต่อเนื่องจากการประมง การเกษตร แรงงานไทยทั้งในและนอกพื้นที่ไม่ยอมทำงานประเภทดังกล่าว ทำให้ผู้ประกอบการต้องใช้แรงงานต่างด้าว ประกอบกับแรงงานต่างด้าวเป็นแรงงานราคาถูก ทำงานคุ้มค่ามากกว่าแรงงานไทย จึงเป็นแรงผลักดันใหม่การใช้แรงงานต่างด้าวเพิ่มมากขึ้น ในขณะที่จำนวนคนไทยว่างงานมีเพิ่มมากขึ้น ตลอดจนจะส่งผลกระทบต่ออัตราค่าแรงพื้นฐาน

​

๔. ปัญหาด้านสาธารณสุข 
     ชาวโรฮิงญาที่หลบหนีเข้ามาใช้แรงงานในประเทศไทย อาจเป็นพาหะนำพาโรคติดต่อร้ายแรงมาสู่คนไทย เช่น โรคมาเลเรีย โรคเท้าช้างซึ่งทางการต้องเสียงบประมาณด้านสาธารณสุขจำนวนมากในการป้องกันโรคติดต่อ และการดูแลช่วยเหลือแรงงานดังกล่าวตามหลักสิทธิมนุษยธรรม

​

๕. ปัญหาด้านภาพลักษณ์ของไทยในเวทีการเมืองระหว่างประเทศ

    สำนักข่าวต่างประเทศได้รายงานว่า เจ้าหน้าที่ยามฝั่งของประเทศอินเดียได้ให้การช่วยเหลือผู้อพยพชาวโรฮิงญากว่าร้อยคนที่พยายามว่ายน้ำเข้าหาฝั่งซึ่งทั้งหมดอยู่ในสภาพที่อิดโรยและขาดน้ำอย่างรุนแรง โดยกลุ่มผู้อพยพได้ เล่าให้ฟังว่า พวกตนได้จ่ายเงินให้นายหน้าพาขึ้นเรือ เดินทางหลบหนีเข้าไปในประเทศไทย เพราะต้องการความเป็นอยู่ที่ดีขึ้น แต่กลับถูกทหารไทยควบคุมตัวแล้วบังคับให้ขึ้นเรือกลับประเทศของตนด้วยเรือที่ไม่มีเครื่องยนต์ปล่อยให้ลอยอยู่กลางทะเลด้วยอาหารและน้ำจำนวนเล็กน้อย(เป็นคำกล่าวอ้างของผู้หลบหนีชาวโรฮงญา) ผู้อพยพกล่าวอ้างว่าการกระทำดังกล่าวของประเทศไทยส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตไปนับร้อยศพ เนื่องจากอดอาหารอยกลางทะเล ส่งผลให้นานาชาติตลอดจนถึงองค์กรต่างๆโดยเฉพาะด้านสิทธิมนุษยชน ออกมากล่าวหาว่าไทยกระทำการไร้ ซึ่งมนุษยธรรม